Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü 06/04/1997 tarih ve 22956 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan yönetmelikle, 2547 sayılı kanunun 58. maddesine göre kurulmuştur.

Döner Sermaye İşletme Müdürlüğünün bütçesi; Eğitim Fakültesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Biga İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, İlahiyat Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi, Ziraat Fakültesi,  Mimarlık ve Tasarım Fakültesi, Siyasal Bilgiler Fakültesi, Turizm Fakültesi, Tıp Fakültesi, Ayvacık Meslek Yüksekokulu, Bayramiç Meslek Yüksekokulu, Biga Meslek Yüksekokulu, Çan Meslek Yüksekokulu, Ezine Meslek Yüksekokulu, Gelibolu Meslek Yüksekokulu, Gökçeada Meslek Yüksekokulu, Lapseki Meslek Yüksekokulu, Yenice Meslek Yüksekokulu, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Çanakkale Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu, Çanakkale Seramikleri Araştırma ve Uygulama Merkezi, Çanakkale Bilim ve Teknik Uygulama ve Araştırma Merkezi, Sürekli Eğitim Merkezi, Deneysel Araştırmalar Uygulama ve Araştırma Merkezi, Türkçe Öğretimi Araştırma ve Uygulama Merkezi, ARGE Projeleri, Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü ve Matbaa İşletmesinin faaliyetlerinden elde etmiş olduğu gelirler ve bu faaliyetler için yapmış olduğu giderlerden oluşmaktadır.

Döner Sermaye İşletme Müdürlüğünün muhasebe işlemleri, Hazine ve Maliye Bakanlığı tarafından hazırlanmış olan Bütünleşik Kamu Mali Yönetim Bilişim Sistemi (BKMYBS) yazılım programı aracılığıyla muhasebeleştirilir.